Nella maggior parte dei casi, si tratta delle fatture elettroniche acquisite direttamente dallo SDI.

L'operatore deve soltanto procedere a verifica delle fatture elettroniche.

La verifica consiste nella riconciliazione delle righe della fattura con i documenti precedenti già emessi (ad esempio, con un DDT oppure con un ordine); a regime, la riconciliazione avviene in modo automatico.

Uno dei casi particolari riguarda la fattura ricevuta dal laboratorio.

Infatti, le righe della fattura devono riconciliarsi con le righe delle prescrizioni emesse (ordini al laboratorio).

In generale, la riconciliazione avviene in modo automatico attraverso una serie di regole specifiche.

Le colonne corrispondenti al riquadro evidenziato in giallo (nella seguente immagine) riportano le descrizioni delle voci presenti nella fattura elettronica.

Per le righe, in cui le colonne corrispondenti al riquadro in verde sono compilate, il sistema ha eseguito la riconciliazione in modo automatico; se tali righe non sono compilate allora bisogna procedere ad una riconciliazione manuale. 

Sulle righe non riconciliate, l'operatore dispone di un menu contestuale che permette di eseguire una serie di operazioni; ad esempio, si può effettuare una ricerca su tutte le voci di prescrizioni non ancora fatturate (non riconciliate) emesse dal laboratorio (fornitore della fattura da verificare). Pertanto, si procede ad una riconciliazione manuale che sarà utilizzata per procedere alla riconciliazione automatica per le prossime fatture dello stesso tipo.

La riconciliazione automatica è favorita dall'adozione di un sistema rigoroso che ovviamente coinvolge anche il fornitore. Ad esempio, per le fatture di magazzino, se lo Studio ha inviato l'ordine al fornitore specificando i codici degli articoli così come previsti dal listino del fornitore (non può essere altrimenti se l'ordine viene generato dal sistema) allora la fattura dovrebbe riportare nel dettaglio per ogni articolo la stessa codifica (questo dipende dal fornitore); in questo caso, la riconciliazione avviene in modo automatico.

La questione risulta più semplice per le fatture di servizi (senza ordine e senza gestione del magazzino); infatti in questo caso la riconciliazione è praticamente automatica. Le righe della fattura vengono collegate al conto economico abbinato al fornitore (personalizzazione in sede di registrazione della scheda anagrafica del fornitore).

Se si tratta della prima fattura elettronica ricevuta da un fornitore (non ancora censito) allora il sistema crea in automatico una nuova anagrafica attribuendo una personalizzazione contabile standard (da perfezionare successivamente spostando il conto economico, creato in automatico, nel corretto ramo del piano dei conti).

Per le fatture non elettroniche ricevute dallo Studio, l'operatore procede in modo manuale alla registrazione del corrispondente documento. Dalla stessa maschera di registrazione, inserisce il nuovo fornitore, se non ancora censito, e procede alla registrazione delle righe di dettaglio.

Per ridurre l'uso della carta, è possibile abbinare al sistema una casella di posta elettronica specifica. Lo studio può richiedere ai fornitori (si tratta dei professionisti con specifici regimi fiscali senza obbligo di emettere fattura elettronica) di inviare le fatture - non elettroniche - a tale casella. In tal modo, il sistema registra un nuovo documento a cui allega l'e-mail ricevuta, assegna un protocollo e permette all'operatore di visualizzare la fattura allegata per procedere alla compilazione del dettaglio.

Per le fatture ricevute in forma cartacea, l'operatore può procedere alla conversione in digitale tramite scanner ed inviarle alla predetta casella di ricezione. In tal modo, si ottiene un sistema di protocollazione automatica (lo stesso delle fatture elettroniche) e tutte le registrazioni sono abbinate al corrispondente documento digitale che rimane allegato e visualizzabile in qualsiasi momento.